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Augmentation du niveau de SARS-CoV-2 détecté dans les eaux usées de Montpellier


Des chercheurs du Centre national de la recherche scientifique ont identifié une augmentation récente de la quantité d’ARN du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2) dans la principale station d’épuration (STEP) de l’agglomération montpelliéraine.

Cependant, l’augmentation de l’ARN viral n’était pas en corrélation avec le nombre de cas nouvellement diagnostiqués, et des investigations épidémiologiques sont nécessaires pour expliquer les résultats, disent Julie Trottier et ses collègues.

Des études futures sont également nécessaires pour déterminer si la surveillance des eaux usées pourrait être une méthode valable pour prédire les épidémies à l’avenir, ajoutent-ils.

Une version pré-imprimée du document est disponible sur le serveur medRxiv *, tandis que l’article fait l’objet d’un examen par les pairs.

Novel Coronavirus SARS-CoV-2 Micrographie électronique à balayage colorisée d'une cellule fortement infectée par des particules de virus SARS-CoV-2 (jaune), isolée d'un échantillon de patient. La zone noire de l'image est l'espace extracellulaire entre les cellules. Image capturée au NIAID Integrated Research Facility (IRF) à Fort Detrick, Maryland. Crédits: NIAID

Novel Coronavirus SARS-CoV-2 Micrographie électronique à balayage colorisée d’une cellule fortement infectée par des particules de virus SARS-CoV-2 (jaune), isolée d’un échantillon de patient. La zone noire de l’image est l’espace extracellulaire entre les cellules. Image capturée au NIAID Integrated Research Facility (IRF) à Fort Detrick, Maryland. Crédits: NIAID

L’épidémiologie basée sur les eaux usées est une approche souhaitable pour surveiller le virus

L’épidémiologie basée sur les eaux usées représente une approche rentable pour surveiller l’évolution d’un virus lors de sa circulation dans la population.

Trottier et ses collègues disent qu’environ la moitié des patients symptomatiques infectés par le SRAS-CoV-2 perdent de l’ARN viral dans leurs selles. Récemment, un enfant asymptomatique a eu un prélèvement de gorge qui s’est avéré négatif mais un échantillon de selles qui s’est révélé positif. Ensemble, ces résultats suggèrent que les personnes asymptomatiques et symptomatiques libèrent de l’ARN viral dans les réseaux d’égouts.

Plusieurs rapports ont également décrit le virus comme étant détectable dans les eaux usées, et il a été proposé que cette stratégie puisse être utilisée pour prédire les futures épidémies de coronavirus 2019 (COVID-19) dans les zones où la prévalence est faible.

Les auteurs disent la fin du verrouillage strict instauré en France le 11 maie était donc le moment approprié pour surveiller la réapparition du SARS-CoV-2 dans les eaux usées.

Détection d'ARN du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées de Montpellier et nombre de cas de COVID-19. (A) Le nombre de copies d'ARN du SARS-CoV-2 a été mesuré à l'aide de l'ensemble d'amorces / sondes N1 ou N3. Chaque point correspond à la concentration d'ARN du SARS-CoV-2 dans les eaux usées mesurée à partir de la somme du nombre de copies d'ARN calculé à partir de deux extractions d'ARN et de quatre réactions RT-qPCR effectuées en deux cycles individuels. Des puits d'eau stériles ont été inclus en double pour chaque jeu d'amorces / sondes dans chaque plaque comme contrôle négatif et ont toujours renvoyé «No Ct» (non montré sur le graphique). A noter, le graphique ne prend pas en compte l'efficacité RERP calculée dans le tableau 2. La ligne pointillée verte indique la fin du verrouillage strict en France. ND: non détecté. (B) Le graphique montre les précipitations en millimètres par jour enregistrées à Montpellier (station Lavalette 34172005). Les flèches rouges indiquent nos dates de collecte des eaux usées. (C-D) Cartes thermiques de la concentration d'ARN SARS-CoV-2 calculée en A spécifique aux ensembles d'amorces / sondes N1 (C) et N3 (D). (E-F) Les cartes thermiques indiquent le nombre de patients COVID-19 hospitalisés quotidiennement (E) et le nombre de nouveaux cas de COVID-19 (F) confirmés dans l'Hérault (source: Santé Publique France). La ligne pointillée verte indique la fin du verrouillage strict en France.

Détection d’ARN du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées de Montpellier et nombre de cas de COVID-19. (A) Le nombre de copies d’ARN du SARS-CoV-2 a été mesuré à l’aide de l’ensemble d’amorces / sondes N1 ou N3. Chaque point correspond à la concentration d’ARN du SARS-CoV-2 dans les eaux usées mesurée à partir de la somme du nombre de copies d’ARN calculé à partir de deux extractions d’ARN et de quatre réactions RT-qPCR effectuées en deux cycles individuels. Des puits d’eau stériles ont été inclus en double pour chaque jeu d’amorces / sondes dans chaque plaque comme contrôle négatif et ont toujours renvoyé «No Ct» (non montré sur le graphique). A noter, le graphique ne prend pas en compte l’efficacité RERP calculée dans le tableau 2. La ligne pointillée verte indique la fin du verrouillage strict en France. ND: non détecté. (B) Le graphique montre les précipitations en millimètres par jour enregistrées à Montpellier (station Lavalette 34172005). Les flèches rouges indiquent nos dates de collecte des eaux usées. (C-D) Cartes thermiques de la concentration d’ARN SARS-CoV-2 calculée en A spécifique aux ensembles d’amorces / sondes N1 (C) et N3 (D). (E-F) Les cartes thermiques indiquent le nombre de patients COVID-19 hospitalisés quotidiennement (E) et le nombre de nouveaux cas COVID-19 confirmés (F) dans l’Hérault (source: Santé Publique France). La ligne pointillée verte indique la fin du verrouillage strict en France.

Qu’est-ce que l’étude impliquait?

L’équipe a collecté des échantillons d’eaux usées au point d’entrée de la principale STEP de la région métropolitaine de Montpellier, située dans une ville appelée Lattes dans l’Hérault. Le département de l’Hérault représente plus de 40% des habitants de l’agglomération montpelliéraine.

Les échantillons ont été collectés le 7 mai (quatre jours avant la fin du verrouillage) et jusqu’à 45 jours après sa fin (7, 18, 26 et 4, 15 et 25 juin).

« A cette époque, le virus circulait toujours dans la région, mais son incidence était faible », écrit l’équipe.

Qu’ont découvert les chercheurs?

L’équipe rapporte que le 15 juine et le 25 juine, plus d’ARN viral a été détecté dans les eaux usées qu’à aucune des dates de collecte précédentes.

Ce constat n’est pas en corrélation avec le nombre de patients hospitalisés et nouvellement diagnostiqués, qui est en baisse dans l’Hérault depuis le 1er avril, selon les chercheurs.

«D’après ces observations, il semble qu’il n’y ait pas de corrélation temporelle directe entre la détection de l’ARN du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées et les caractéristiques épidémiologiques associées au COVID-19, au moins sur une période aussi courte», écrivent Trottier et ses collègues.

D’autres études ont trouvé des résultats similaires

Les auteurs disent que des résultats similaires ont été rapportés dans d’autres études. Une étude récemment menée en Espagne a révélé que l’ARN du SARS-CoV-2 était présent dans les eaux usées des semaines avant qu’aucun cas de COVID-19 n’ait été signalé. Une autre étude menée aux Pays-Bas a montré que les cas cumulatifs de COVID-19 étaient en corrélation avec la détection d’ARN viral, mais pas en fonction du temps.

Actuellement incapable d’expliquer l’augmentation

Les chercheurs disent qu’actuellement, ils ne sont pas en mesure d’établir si l’augmentation du niveau d’ARN viral dans les eaux usées qu’ils ont échantillonnées est le résultat d’une augmentation prochaine des cas de COVID-19 dans la région ou si elle est due à des variations intrinsèques d’ARN qui sont associée à une excrétion virale inégale d’un patient à l’autre et à différents stades de la maladie.

En outre, d’autres paramètres pourraient avoir affecté les résultats, notamment les personnes appartenant à des groupes éloignés qui déménagent dans des résidences secondaires ou vers une destination de vacances, une sous-estimation de la prévalence ou des variations de la répartition géographique.

«Les deux hypothèses ne sont pas exclusives, et de futures enquêtes multiparamétriques sont nécessaires pour mieux déterminer si la surveillance des eaux usées pourrait être un puissant outil de prévision des futures épidémies», écrivent les chercheurs.

«Les futures enquêtes épidémiologiques pourraient expliquer une telle constatation asynchrone», concluent-ils.

*Avis important

medRxiv * publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique / les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.





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